بیماری سلیاک (CD) یک اختلال چند عاملی شایع است که در آن آلل های خاص HLA-DQA1 و HLA-DQB1 استعداد ژنتیکی اصلی ابتلا به آن را نشان مید هند. با این حال، تایپینگ HLA ارزش تشخیصی مطلق ندارد. اما امکان ارزیابی خطر نسبی CD را فراهم می کند.
آزمایش مثبت نشان دهنده استعداد ژنتیکی است اما لزوما به معنای پیشرفت بیماری نیست. یک آزمایش منفی ارزش قابل توجهی دارد. زیرا عدم تحمل گلوتن به ندرت در غیاب آلل های خاص HLA مستعدکننده رخ می دهد. ژن های HLA نشانگرهای پایداری در طول زندگی هستند، بنابراین تایپینگ آنها می تواند افراد حساس به CD یا غیرحساس را قبل از هر گونه علائم بالینی یا سرولوژیکی تشخیص دهد.
تست HLA به طور فزاینده ای به عنوان تستی پشتیبان در الگوریتم تشخیصی CD در نظر گرفته می شود. دستورالعمل های جدید برای تشخیص CD نشان می دهد که بیوپسی اثنی عشر را می توان در مواردی حذف کرد که فرد آنتی بادی های ضد TG2 سرم بالا (بیش از 10 برابر حد بالای طبیعی)، EMA مثبت و HLA در معرض خطر دارد.