آزمایش MLPA
MLPA تکنیکی برای مطالعه تغییرات کپی ژن مرتبط با بیماری است. آزمایشگاه های سراسر جهان از این تکنیک برای تشخیص و تحقیق اختلالات ژنتیکی و تومورها استفاده می کنند. قدرت این تکنیک در تطبیق پذیری و چندکاره بودن آن نهفته است:
- MLPA می تواند برای تشخیص تغییرات تعداد کپی در هر چیزی استفاده شود از کروموزوم کامل گرفته تا تک اگزون.
- MLPA همچنین برای تشخیص تغییرات متیلاسیون DNA قابل استفاده است.
- این تکنیک حساسیت کافی برای تشخیص خطاهای ایجادکننده بیماری از شبه ژنهای بسیار مشابه را دارد.
- MLP با بیش از 350 پروب میکس در بازار، به یک گلد استاندارد در تشخیص تغییر در تعداد کپی ژن تبدیل شده است.
چرا آزمایش MLPA؟
تغییرات تعداد کپی ژن (CNVs) در صدها اختلال ژنتیکی نقش ایفا می کند و سنجش های MLPA حتی برای نادرترین آنها وجود دارد. آزمایشگاه ها در سراسر جهان از MLPA استفاده می کنند تا اطمینان حاصل کنند که حذف ها و تکرارها به اندازه کافی و دقیق شناسایی می شوند. برای اختلالاتی که CNVs اکثر جهش ها را تشکیل می دهند، MLPA به عنوان آزمایش خط اول (اولین و مهمترین آزمایش) مورد استفاده قرار می گیرد. همچنین در مورد اختلالاتی که آنالیز ژنتیکی آنها به دلیل شبه ژنها بسیار سخت و مشکل است نیز این تکنیک بهترین است. در این مورد MLPA به دلیل حساسیت استثنایی خود برای تشخیص توالی های نزدیک به هم استفاده می شود. در انکوژنومیکس، MLPA برای مطالعه CNVs سوماتیک برای بهینه سازی پروفایل تومور استفاده می شود.
اهمیت تعداد کپی ها در تشخیص و تحقیقات ژنتیکی:
تغییرات تعداد کپی ژن در بسیاری از اختلالات ژنتیکی نقش ایفا می کند. تشخیص سریع، دقیق و مقرون به صرفه CNVs برای آزمایش ها و تحقیقات ژنتیکی ضروری است. MRC Holland ابزارهایی را برای تشخیص تعداد کپی DNA و الگوهای متیلاسیون مرتبط با بیماری تولید می کند. تکنیک MLPAی MRC Holland در این زمینه گلد استاندارد است و در سراسر جهان برای مطالعه اختلالات و تومورهای ارثی استفاده می شود.
MLPA چطور کار می کند؟
MLPA یک تکنیک multiplex PCR ساده است که از یک جفت پرایمر برای تکثیر حداکثر 60 پروب استفاده می کند که هر کدام دارای یک هدف و طول ژنومی منحصر به فرد هستند. آمپلکون های PCR با فلورسنت نشاندار می شوند و با الکتروفورز مویرگی جدا و کمی سازی می شوند. با مقایسه الگوی پیک حاصل از نمونه با الگوی پیک نمونه های مرجع، تعداد اهداف ژنومیک موجود در نمونه مورد نظر شناسایی می شود.
SALSA MLPA:
SALSA MLPA محصول اصلی MRC-Holland است که می تواند حداکثر 60 توالی DNA ژنومیک مختلف را همزمان اندازه گیری کند.
محصولات MLPA در سراسر جهان برای مطالعه اختلالات ارثی، آنالیز تومورها، وضعیت متیلاسیون در تشخیص و تحقیق استفاده می شود.
مزایا و معایب MLPA:
ویژگی های مثبت:
- گلد استاندارد برای تشخیص CNV در سطح اگزون (در کنار تکنیک میکروآرایه)
- قدرتمند، سریع، مقرون به صرفه
- رزولوشن بالا، تشخیص دقیق حذف ها/ تکرارهای تک اگزونی
- قابل طراحی برای واریانت های تک نوکلئوتیدی خاص (SNVs)
- قابل تغییر برای تشخیص متیلاسیون (MS-MLPA)
- توان عملیاتی بالاتر و نیاز به کار کمتر نسبت به FISH
محدودیت ها:
- کیت های MLPA تجاری برای همه ژن ها در دسترس نیستند.
- تعداد نواحی هدف برای هر کیت محدود است (MLPA دیجیتال ممکن است قابلیت غلبه بر این محدودیت داشته باشد).
- در جایی که تکرار (duplication) شناسایی می شود، محل یا جهت ماده تکراری مشخص نیست.
- بازآرایی های متعادل را تشخیص نمی دهد.
- ممکن است موزاییسم را تشخیص ندهد.
- ممکن است حذف های کوچک / درونی که در خارج از ناحیه هدف پروب های کیت قرار دارند را تشخیص ندهد.
- اگر حذفها / تکرارها گسترده تر از ناحیه هدف پروب های کیت باشند، برای تشخیص این موارد روش دومی مانند میکروآرایه مورد نیاز است.
- SNVs را تشخیص نمی دهد (مگر به طور اختصاصی توسط پروب های MLPA مورد هدف قرار گیرند).
کاربرد MLPA در پزشکی:
MLPA معمولا برای تشخیص شرایطی استفاده می شود که عمدتا ناشی از تغییرات تعداد کپی در سطح اگزون (حذف ها و تکرارها) هستند، برای مثال آتروفی عضلانی نخاعی.
همچنین می توان از این تکنیک در ترکیب با توالی یابی نسل بعدی برای بررسی ژن هایی که ممکن است دارای تغییرهای تک نوکلئوتیدی یا تغییرات تعداد کپی استفاده کرد. برای مثال BRCA1 و BRCA2 در سرطان پستان.
همچنین ممکن است در موارد زیر استفاه شود:
- برای آزمایش اعضای خانواد برای تشخیص حذف ها/ تکرارها.
- گاهی اوقات برای آزمایش تغییرات تک نوکلئوتیدی خاص
- در MLPA اختصاصی برای متیلاسیون (MS-MLPA)، برای تشخیص وضعیت متیلاسیون مناطق پروموتر که در آنها متیلاسیون نابجا باعث بیماری شده است.
نحوی گزارش نتایج تست MLPA:
دو نتیجه احتمالی وجود دارد که می توان از آزمایش MLPA به دست آورد:
- مثبت (بیماری زا یا احتمالا بیماری زا): نتیجه مثبت نشان می دهد که یک حذف یا تکرار ژنی مرتبط با فنوتیپ بیماری تحت مطالعه شناسایی شده است. بر اساس این نتیجه شما می توانید از مشاوره ژنتیک استفاده کنید. یا به دنبال دریافت راهنمای درمان های احتمالی، نظارت بر پیشرفت بیماری، یا دریافت استراتژی های پیشگیری کننده بروید.
- منفی: نتیجه منفی نشان میدهد که هیچ حذف یا تکراری مرتبط با بیماری شناسایی نشده است. این تضمین نمی کند که فرد سالم است یا سایر اختلالات ژنتیکی یا مشکلات پزشکی ندارد. علاوه بر این، یک نتیجه منفی علت ژنتیکی بیماری را رد نمی کند و خطر را برای سایر فرزندان در آینده از بین نمی برد. با این حال، اگر نتیجه آزمایش منفی باشد و نوع مورد نظر در اعضای خانواده شناسایی شود، این بدین معنی است که آن اختلال ژنتیکی در آن پروباند وجود دارد. یک نتیجه منفی ممکن است با دلایل متعددی از جمله دانش ژنتیکی محدود و محدودیت های مرتبط با روش مورد استفاده توضیح داده شود.
نمونه مورد استفاده برای تست MLPA:
- نمونه خون
- نمونه DNA ژنومی تخلیص شده
- بافت جنینی
- مایع آمنیوتیک
- پرزهای کوریونی
مطالب مشابه:
